Las ciudades de Junín y Pergamino, sedes académicas de la UNNOBA, están localizadas en la región Noroeste de la provincia de Buenos Aires. Esta delimitación regional se organiza en torno al marco natural, la Pampa ondulada alta, que se caracteriza por la extrema calidad de la tierra y su perfil ondulado, eminentemente agrícola. La pampa ondulada alta abarca dos sub-regiones: (i) el corredor fluvial-industrial, que acompaña al río Paraná en su recorrido por la provincia de Buenos Aires, compuesto por los partidos de San Nicolás, Ramallo, San Pedro, Baradero, Zárate, Campana, Escobar, Tigre y San Fernando; y (ii) la sub-región agrícola, compuesta por los partidos de Alberti, Arrecifes (Bartolomé Mitre), Capitán Sarmiento, Carmen de Areco, Colón, Chacabuco, Chivilcoy, Exaltación de la Cruz, General Arenales, Junín, Leandro N. Alem, Mercedes, Pergamino, Rojas, Salto, San Andrés de Giles, San Antonio de Areco y Suipacha.

Algunas de las ciudades mencionadas, debido a sus actividades comerciales, de servicios, sanitarias, educativas, mediáticas y administrativas tienen influencia sobre otras zonas, principalmente en el Sur santafesino, y en el Nordeste de la provincia de La Pampa.

La tradición de los Centros Universitarios Regionales de Junín y Pergamino muestra que la mitad de los alumnos provienen de localidades aledañas entre las que se destaca la afluencia de alumnos de Chacabuco, Lincoln, General Viamonte, Rojas, General Arenales, L.N. Alem, Bragado, Colón, Arrecifes, Salto, Capitán Sarmiento y San Antonio de Areco.

La Universidad tiene firmados convenios de colaboración institucional y académica con los siguientes municipios: Junín, Pergamino, Ameghino, Arrecifes, Bragado, Carmen de Areco, Chacabuco, Colón, Gral. Arenales, Gral Pinto, Gral. Viamonte, Gral. Villegas, Lincoln, 9 de Julio, Rojas, Salto, Pehuajó, Carlos Casares, Rivadavia, L. N. Alem.