Son los Centros e Institutos en los que se realizan tareas de: investigación científica, tecnológica, de formación de recursos humanos y se brindan servicios y asesoramiento a terceros. Están organizadas bajo la responsabilidad de un Director y poseen infraestructura, equipamiento y personal permanente.
En la actualidad, a los fines de cumplimentar con los requisitos solicitados en el formulario “Presentación de Proyectos de investigación” y hasta tanto no se hayan creado Institutos o Centros con fines específicos, se consideran Unidades Ejecutoras de la UNNOBA los cinco Departamentos responsables de agrupar, orientar y coordinar el funcionamiento de las disciplinas comprendidas en las áreas de conocimiento que estén bajo su jurisdicción.
La producción científico-tecnológica y académica de los Departamentos (o Unidades Ejecutoras), serán recopiladas y sistematizadas en una base de datos que oportunamente estará disponible en la web- para consultas de los aspirantes a presentar proyectos de investigación.