La Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires (UNNOBA) fue creada el 16 de Diciembre de 2002 por Decreto del Poder Ejecutivo Nacional Nº 2.617, y ratificada su creación por Ley Nº 25.824 del 19 de Noviembre de 2003. Tiene su sede en la ciudad de Junín, donde se encuentra el asiento de sus autoridades centrales y una sede en la ciudad de Pergamino. Está organizada con una estructura de Escuelas y Departamentos.
La concreción del proyecto institucional y académico de la UNNOBA tiene como antecedente la organización de dos Centros Universitarios Regionales, el Centro Universitario Regional Junín (CURJ), y el Centro Regional Universitario Pergamino (CRUP), que desarrollaron actividades de educación superior universitaria desde 1990 y 1991 respectivamente.
En el año 2003 comenzó la etapa de organización y en el 2005 el dictado de su propia oferta académica. En el año 2007 se eligieron los representantes a la Asamblea Universitaria y al Consejo Superior y el 26 de abril de ese año el primer Rector fue elegido por la Asamblea Universitaria. A fines del año 2008 se inició la organización de las Escuelas. La normalización de las mismas se concretó durante el mes de octubre del año 2010.
El 5 de marzo de 2015 la Asamblea Universitaria eligió como Rector al Dr. Guillermo Tamarit para el período 2015/2019.